ClamAV

proftpd :)

это совсем не то, надо проверять все файлы, в независимости через чего они загружаются (cpanel, php скрипт, ftp).

Т.е. на низком уровне, чекать всё при доступе на фс?

да, что-то типа резидентного сканера

С кламав не работал , воможно есть какие-то модули конкретно под него, но более-менее универсальным вариантом будет Dazuko, служба на уровне ядра, которая как раз может перехватывать доступ и передавать антивирусу.

Оказывается можно подключить проверку для загружаемых файлов через mod_security ☝

В сочетании с проверкой на ftp сервере получается то, что нужно🚬