Как лучше оформить url?

лучше этот вариант, на мой взгляд, поисковики транслит понимают

а сайт уже был проиндексирован?

Поисковики и кириллицу понимают (см. Википедию). Но я за транслит все же.

Раньше была, теперь, похоже, уже нет. Я использую "-".

Кирилицу только Яша нормально принимает или я ошибаюсь?

Делайте так, как будет лучше и удобнее для пользователей, они это оценят, а вслед за ними оценят и поисковые системы. Насчет того, чтобы сделать url кириллицей, я на данный момент к этому отрицательно отношусь, так как не у всех пользователей в браузерах это будет правильно отображаться, на пример вот этот запрос у меня в firefox отображается нормально, а в internet explorer - непонятными значками. Для тех пользователей, которые хотят добавить какую-либо страницу с вашего сайта в закладки, это будет неудобно!

Да, глюков с кирилицей пока ещё много

Но говорят, что такая ссылка имеет больше плюсов для Яндекса.

яша с удовольствием схвает и ссылку вида .../sjd5q345/gfu6tgr6wg4yuaedy/hsw7yfw67fg6d3gfgyfgywefdyfdety-ghdg%sDS%BNS%JFJ. яше как бы побарабану. как и большинству пользователей, у которых даже адресная строка скрыта чаще всего. ИМХО это не пох ток сеошникам, которые будут покупать ссыли с ваших страниц, и то...

Да уже проиндексирован - но он только появился поэтому маленький еще 80 страниц (50 из них лекции).

остановился на варианте с транслитом и добавил окончание .html так как хоть и добавляется последний слеш автоматически то наверное забывать будут ставить его юзеры.

в итоге получилось

site_ru/institut/statistica/osnovi-statistiki/25.html

сайт / раздел/предмет / тема / номер лекции

(лекцию решил цифрой, т.к. буквами слишком длинный урл становится)

все-таки цифры в урле лучше не использовать имхо

Эти варианты оба пойдут.