Клиент или сервер?

можно методом GET передавать параметр при запуске из крона

Так при запуске из крона php работает без апача, соответственно эти массивы не определены, насколько я понимаю.

А пробовал поставить права 700 на файл, тогда его нельзя будет запустить через браузер? Я так понял тебе нужно именно это.

можно просто передавать параметр через коммандную строку

php -f script.php cron

а в скрипте проверять $_SERVER['argv'][1];