Позиции сайта

Программы и сервисы могут ошибаться.

а самому ГУГлУ не пробовали вопрос задать ?

Я тоже так думаю

Нет

На мой взгляд, такое несовпадение может быть из-за того, что базы того же xseo могут обновляться с неким опозданием. так, по которому ряду запросов сервис абсолютно прав, а по некоторым - нет.

Позиции с разный айпи могут различаться, это нормально

Скоро, с распространением персонального поиска, необходимость в проверке позиций вообще может отпасть :)

В аудиторе по умолчанию стоит google.ru, если Вы живете, например в Украине, то пользуетесь скорее всего google.com.ua, выдача у них совершенно разная, еще расхождение позиций может быть если Вы зарегистрированы в каком то сервисе гугла, выйдите из аккаунта и увидите общую выдачу.

попробуй SESpider ... прога просто суперская