MySQL - too many connections

ok, пусть будет statistics, но вообще-то это какая-то начальная стадия. я не замечал чтобы mysql много времени тратил на нее. Документации по этим стадиям нет. вот, например, расширенное профилирование http://blogs.mysql.com/peterg/2008/11/06/show-profile-information_schemaprofiling/ показывает что statistics на стадии оптимизации выполняется.

Попробуйте профилировать запрос и проверить действительно ли statistics - очень медленная и длинная стадия исполнения запроса. Похоже, mysql эти ваши индексы лишние читает и пытается решить какой них лучше. Я бы их просто сократил до минимума и посмотрел бы что изменится.

В любом случае, возьмите за правило : индекс с cardinality меньше 1% - не нужен . Если при выборке эти поля важны, посмотрите какие еще поля используются в той же выборке и сделайте составной индекс.

Ну а вот эти вот мнения "да годами все работало! да ничего не меняли, а потом вдруг начало тормозить" - это постоянно бывает. По мере накопления данных наступает какой-нибудь критический момент и mysql может внезапно избрать другой план выполнения.