Помогите найти шел на сайте.

если хочешь грамотно проглядеть что то . есть такая команда ls -R -al>text.txt; ну а дальше к себе на комп тяни , и гляди что там в каких папках чего не должно быть :)

ты б описал чо утебя там за скрипт , и поискал бы в инете эксплойты для этой версии.

ну а если самопис тогда значит кто то умный нашел дыру сам.

может легче это попробовать http://artriva.ru/article/zaschita-ot-iframe.html

если нужна сверка хешей - можно aide использовать:

http://www.cs.tut.fi/%7Erammer/aide/manual.html

запихнуть сверку в крон

aide можно установить и на виртуальном хостинге (самостоятельно)

либо хостера попросить, в дистрибутивах оно обычно есть искаропки.