Стоит ли продвигать каждый раздел как отдельный ресурс

Стоит. Каждый серьёзный ресурс продвигается таким способом.

Но нужно точно просчитать ссылочный бюджет.

Никак не могу точно уяснить что есть «ссылочный бюджет». Оплата размещения ссылок на свой ресурс плюс оплата размещения статей, опять же со ссылками на свой ресурс. Что-то еще? Что желательно учесть при составлении ссылочного бюджета? Получается для лучшей выдачи в поисковиках собственные ТИЦ и PR значения не имеют, а ТИЦ И PR ресурса который на тебя ссылаются имеют.

Как вы считаете, стоит ли при регистрации в каталогах указывать адрес не главной

страницы, а страницы которая "заточена" под продвигаемую фразу? Реально ли это при регистрации? Скажется ли это положительно на выдачу поисковых систем по данной фразе?

Например, в моем случае: главная страница www.mysite.ru/1C/

под ключевую фразу "1С бухгалтерия 8" заточена страница www.mysite.ru/1C/1cv8.php