Зеркала сайта и Яндекс.Вебмастер

На сайте был вредоносный код. После устранения кода и перепроверки в выдаче поиска в Яндексе страницы с www стали выдаваться без пометки о вредоносном коде, а без www все так же с пометкой. В переписке с Платоном, Платон порекомендова (привожу цитату):

"Дело в том, что сайт сайт.ru является неглавным зеркалом сайта www.сайт.ru.

К сожалению, наш робот-зеркальщик не успел их обойти и склеить.

Для быстрого решения проблемы рекомендую Вам подтвердить и сайт сайт.ru в

Вебмастере, отправив после этого его на перепроверку."

Сделал, как посоветовал Платон. Через пару часов и с сайт.ru была снята пометка о вредоносном коде. Но в сегодняшнем АПе позиции тех запросов, которые выдаются по не главному зеркалу (сайт.ru) упали.

Вопрос: могло ли то, что не главное зеркало было прописано в Вебмастере, повлиять на изменение позиций? Сталкивался ли кто с подобной ситуацией?

З.Ы. Во время АПа не главное зеркало не было еще проиндексировано в Вебмастере.