com домен для интернет-магазина (г. Москва и область)

Ну, не знаю - у меня сайт в зоне ком проиндексировался благополучно в течение месяца.

А по сабжу - разницы для Яндекса никакой; только Рамблеру, возможно, придется в саппорт писать, чтобы проиндексировали :)

на сколько стр. сайт?

На тот момент было тысяча с небольшим. Поставил на него пару ссылок со своих старых сайтов и все, больше никаких действий не производилось.

Нормальная зона проблем с индексацией еще не разу у меня лично не было.

ссылки закупал?