Как продвигать сайт по всей России?

В том-то и дело, что небыли. То есть были, но далеко не все. У меня регион определен не Россия, провинциальный город. Раньше по запросам ключевик+город, в топе были в основном местные сайты и чуть-чуть общероссийских. Теперь по Москве примерно так и осталось, а по всей России в топе субдомены общероссийских сайтов с минимумом полезного контента и пара местных, да и то не по всем запросам. Причем у некоторых лидеров, даже точного соответствия запросу на странице нет. За счет чего они вылезли непонятно, разве что, только за счет жирной морды основного сайта.

регион не указывайте в вебмастере и все

Это не влияет особо. Можно наоборот везде просесть. К тому же есть ЯК. Есть сайты - с регионом Москва - присутствуют по всем регионам. Кроме ссылок с региональных сайтов, упоминания регионов в анкорах и информации о разных местных городах на сайте, ничего предположить не могу.

Почему преимущество к примеру Московской выдаче? От чего это зависит?

Алгоритм в Москве наименее изменился по сравнению со старым до-Арзамасовским, по которому оптимизаторы уже научились оптимизировать и продвигать. Если отбросить тонкости, то там все можно было "продавить" ссылками с правильным анкором. А в новых вариациях алгоритма инградиенты коктейля (контент, ссылки, траст и пр.) замешаны в иных пропорциях и это пока не понято. Вылезли случайные сайты, которые никто не продвигал, просто у них так стихийно получилось что их параметры "заиграли" при новом алго.

Например по моему проекту. В апреле сайту было чуть больше года и до начала яндуксовых закидонов проект вышел в топ1 по двух-словному запросу более 55000 по wordstat.yandex.ru и сместил сайт фирмы которая было в топе более 5 лет и название фирмы совпадало с продвигаемым запросом. После майских событий (введение арзамаса) просел: в МСК - в конец 1 страницы, в СПБ - в конец 2 страницы, в Ебурге - за топ100, во все_др. - в конец топ100. Сначала анализ ситуации, а потом синтез - разработка что и как делать. Сейчас в МСК - в топ2, в СПБ- в топ3, в Ебурге - в начале 2 страницы, во все_др. - в конце 1 стр. Вывод: все можно понять, и с этим алго можно работать.

Что касается конкретики и рекомендаций, то их нет и быть не может. Тот кто делает как все, тот как все и будет - в "золотой серединочке". Но 20-я страница выдачи из миллиона - это хорошо, но ни кому не интересна. Спорт -модель жизни, олимпийский чемпион не смотрит и не учится у того кто на 25 место. Лидер всегда идет в незнаемое и неизведанное, понятно что ориентируясь на свой план, свой опыт и свои возможности.

Варианты с созданиями поддоменов и внутренних страниц под каждый продвигаемый регион конечно довольно дороговаты и сложны. У кого то есть ещё какие то предположения продвижения по России?

угу, информационные сайты

контакты картинками, ну и по мелочам, вроде никаких названий городов.

в общем то смешно, но лично у меня не коммерческие сайты (информационные) где были там и есть, в отличии от коммерческих

У вас наверное геонезависимые запросы, там общая выдача во всех регионах.

У кого то есть ещё мысли по продвижению в регионах?

регистрируйтесь в я.каталоге и присваивайте основные регионы, их там 6-7 вроде можно присвоить