есть VPS и есть Домен. Как их связать?

Раз заимел VPS, так спроси у тех. поддержки хостинга.. Там все объяснят и расскажут, а может и сами настроят..

1. Либо воспользоваться DNS у регистратора

2. Поднять DNS на вашей VPS и указать у регистратора, что домен обслуживатся вашей VPS

Держать все NSы на одном сервере мягко говоря, не рекомендуется. Намного правильнее первый вариант - воспользоваться сторонними NSами (например, регистратора) и прописать на них A-запись с IP VPS.

Да, первый вариант лучше.

А второй вариант хуже лишь тем, что при падении сервера нельзя будет оперативно перепойнтить домен. Но если его пойнтить некуда, то второй вариант вполне имеет право на жизнь. Конечно, если сайт имеет высокую загрузку, лучше вынести DNS на отдельные сервера.

Дело не в этом. NSы должны распологаться, как минимум, на двух различных физических машинах с IP из разных подсетей.

Кому должны и зачем?

1. Не обязательно на разных машинах.

2. Разные подсети тоже давно отменили.

Не должны, но рекомендуется. RFC. Для повышения надежности и отказоустойчивости DNS.

Разные подсети класса C - это уже не так принципиально, но держать все на одном сервере я бы не рискнул. Конечно же, речь не идет о сайтах класса "Я и моя собака", которые можно хостить хоть на айфоне.

Если у меня упадет сервак сайтами, то мне пофиг - будут работать NS или нет

Так же как 98% остальных вебмастеров

да, в идеале именно так