Как осуществляется делопроизводство в SEO-компании?

В seo те же счета, те же акты, та же налоговая отчетность как и в любой другой компании. Так что 1С вы все равно будете использовать, вернее либо вы сами, либо обслуживающий вас бухгалтер.

Я не про бухгалтерскую версию говорю. А про управленческий учет.

Ну с управленческим учетом все гораздо интереснее, можно применять все что угодно от файла в экселе до каких то супер навороченных программ. Только вот с учетом специфики seo я таких не видел.

Самописные ЦРМ-ки, практически у любой большой компании есть.

Лично меня-то интересует именно управленческий учёт :). На счёт самописных CRM тоже более менее понятно. Хотелось бы знать, может какая-то из общедоступных программ оптимально соответствует нуждам SEO-конторы?

У каждой SEO конторы своя специфика: система управленческого учата прямо зависит от типов финансовых потоков, и условий работ, прописанных в договорах с клиентами. Универсального решения, конечно, нет.

Например, у меня - самописный бэкофис, интегрированный с системой мониторинга позиций, бухгалтерией и тикет - системой.

у нас еще акты отправляются и оригиналы счетов, некоторые клиенты придирчивы в этом вопросе, ну и вы будете юридически чисты перед налоговой.