Как правильнее nofollow ставить?

<a href="http://www.example.com" rel="nofollow">Прочитал, понравилось.</a>

Источник.

Но разницы не должно быть.

просто как логичнее 2-ой вариант, так как перед ссылкой идёт команда не индексировать, но гугл предлагает первый вариант

Источник? Или он Вам лично так сказал?

http://www.google.ru/support/webmasters/bin/answer.py?answer=96569

Кстати, может, кто знает, к BB коду можно как-нибудь прикрутить нофолоу?

А где здесь первый вариант?

смотри внимательнее на код

Порядок атрибутов (параметров) тега не имеет значения.

Не морочьте людям голову.

Там, где ваш BB преобразуется в PHP, у меня это также в админке делается, за другие движки не знаю.