Как разделить сайты

Скорее всего они итак присутствуют, просто вперед вылезает более авторитетный домен в глаза ПС. Если нужно, чтобы поддомен был выше по определенному запросу, проведите внутреннюю и внешнюю оптимизацию, непосредственно, над самим поддоменом.

Да, но Вам он не понравится. Поддомен может быть в выдаче одновременно с доменом, если оба ресурса релевантны запросу и описаны в ЯК по-отдельности. Тогда Яндекс считает их разными проектами, в остальных случаях - воспринимает поддомен как подраздел главного сайта. Со всеми вытекающими.

Обращение к Платону с просьбой исправить ситуацию бессмысленно?

Dmitriy78, какую ситуацию? Это не баг, это фича. Осмысленной может быть только подача заявки в ЯК. :)