Как правильно настроить сервер?

Есть хостинг и домен site.com. При создании поддомена domain, папка с этим именем создается в корне основного сайта (site.com). Тоесть адрес поддомена domain.site.com. Но проблемма в том, что доступ к domain.site.com можно так же получить по адресу site.com/domain. Теперь ПС каким то образом проиндексировала site.com/domain посчитав его разделом основного сайта, что не есть гуд. Как запретить урл типа site.com/domain, чтобы при таком запросе выдавалась 404 ? Это должен настраивать хостер или можно обойти через htaccess ?