Оптимизация MySQL

а локально профайлинг для сайта с идентичной базой и майсклем можете сделать?

В слов лог могут не попадать к примеру запросы по 0.3с и если их таких для каждого продукта по 1-2, то вполне реальная картина.

а вот в хорошем дистрибутиве mysql long_query_time можно установить в дробное число в 0.3 да еще и пишет была ли задействована сортировка на диске на самом деле. explain врет в этом месте.

Да, есть такой недостаток в официальном дистрибутиве. Но в нормальных проектах, где люди могут контролировать качество и кол-во скл запросов он не так важен. А вот для фикса чужих разработок - это конечно как воздух.