Главная не в корне и Яндекс

А смысл какой в этом?

На Ваш вопрос однозначно ответить нельзя - слишком много параметров влияет на это. К примеру - сколько внутренних ссылок на эту страницу?

На мой взгляд влияет.

Ссылки есть с каждой страницы (на корень и на /home/ тоже). Там планировалось сделать оптимизированную главную, но вроде как нужды уже нет. Сейчас лежит index.php в котором только:

<? 

header("Location: /home"); 

?> 

<? 

header("Location: /home"); 

?> 

Там - это где? :) И index.php где находится?

Как первый совет - если хотите продвигать сайт на не первую страницу, ссылок внутренних должно быть больше на /home/

Там - это в корне (в корне же лежит и этот index.php). На каждой странице есть одна ссылка на корень и две на /home/. А с точки зрения содержимого index.php есть комментарии?

Я так понимаю, что "там" - это корень. Оставьте все как есть, и не парьтесь. ИМХО, ничего Вам этот переколбас не даст.

update

Запоздал, маленько :)

А хуже такая ситуация не делает, если как морда продвигается не корень?

Д нет, вроде... Морда то она чем хороша? Только тем, что она самая накачянная ссылками, только и всего.

Согласен при условии, что действительно продвижение по морде не проводилось, а также все-таки (мое мнение) внутренних ссылок должно быть больше на /home/ :)