Куда девается место на сервере?

netwind ?можно вопрос, если с панелькой все нормально, то почему только в панеле показывает не верный размер занятого места на диске, ведь в шелл и скрипт сайта корректно отображают размер диска. Или эта ротация логов както влияет именно на директадмин?

inspred, Я имею ввиду, когда вам настраивали систему по пошаговому руководству, вряд ли пропустили этап настройки ротации логов.

Для nginx такого руководства нет. Забыть легко.