несколько сайтов компании - БАН

Мне обычно приходят, обратное мыло обязательно указываю на домене сайта по которому обращаюсь, если не придет ответ, пишите еще. Вообще если несколько сайтов одной компаниии то их афилируют а не банят, а т.к. у вас разные запросы то это бы вам не повредило. Каждый сат находился бы по своему запросу, они между собой не конкурируют, так что думаю что восстановят без проблем, если конечно на сайтах нет других косяков типа блоков продажных ссылок и т.д.

возможно, сайты попали под фильтр аффилиатов

...судя по всему сайты просто группируются как один и, соответственно, для конкретного запроса выведется тот сайт, релеватность которого (по внутренним и по внешним факторам) выше.

Тематика у сайтов схожая?

masterlak, сайты попали не под фильтр, а в бан (нет ни одной страницы в индексе).

Тематика (строительство) у всех одна, но семантические ядра разные. Разные виды работ.