Установить нужно SAPE на CMSimple

Проще всего, добавить его в файл index.php, расположенный в корне вашего сайта, после строчки <?php include('./cmsimple/cms.php'); ?>.

Вслед за кодом Sape, не забудьте поставить теги </body> </html>, перенеся их туда из файла шаблона template.htm. Ссылки будут размещены в нижней части листа.

Плюс этого метода, в том, что система, представления не имеет об этом коде и не лезет в него. Поэтому, все должно работать. Если же что-то не так, то проблема не в CMSimple, а в вашем сервере.
Недостатки метода:
- ссылки будут, фактически, расположены все шаблона сайта и могут не вполне вписываться в дизайн (хотя это можно сгладить, сделав для них отдельный CSS-класс)
- необходимость каждый раз при переходе на новую версию системы CMSimple корректировать index.php, а при переходе на новый шаблон не забывать удалять из него </body> и </html>.