ссылки .html и site.ru/xxx/

Убило :D

Наблюдали и не такое, но это извращение, как мне кажется. Рискну предположить, что у этого странного сайта, в корне лежит странный файлик .htaccess в которым какие-то странные записи вроде:

RewriteRule ^([A-Za-z0-9]+)/$   /$1.html [L,QSA]

Учите матчасть и внимательней выбирайте ветку форума!

Особенностей в продвижении нет, если главная у него одна а не 2 или 4 как часто бывает

Особенности будут в восприятии таких адресов у посетителей, если он для людей

Ходят легенды о том, что документам вложенным в папки(например, yandex.ru/xxx/index.html), придается немного меньшее значение, ежели находящимся в корне, хотя не возьмусь утверждать это.

Я бы тоже не стал утверждать, думаю легенды эти возникли из-за неудачной линковки

Сайт для людей, главная, само собой, одна. Контент уникальный.

Начались косяки с индексацией яндексом, когда проверяешь в webmaster.yandex.ru пишет что страниц в индексе 630, а когда начинаешь листать список проиндексированных, то говорит что страниц в индексе 31. Так продолжается уже почти неделю, пока что не вижу иной причины такого явления кроме как корявый вид ссылок.

Вид ссылок в вашем случае не при чем, это панель яндекса так чудесно работает, поменьше в нее заглядывайте

Насчет кол-ва главных - ссылку в личку пришлите, просто интересно посмотреть сколько их

Сори, сайт показать не могу.

Если не секрет, то как можно посмотреть к-во главных страниц?

ответил в пм

http://site.ru/ - вот так ...

у меня все сайты только с такой выдачей страниц, разницы в продвижение нет никакой.

а то что вы любезные говорите о главных страницах - бред полнейший главная страница одна только может быть, неважно где она находится уровень вложений может быть разный, и считаться будет главной та страница которая в сервере указана как главная, та страница которая открывается когда вы домен набираете и есть главная. или у когото несколько открываются :D