Имеют ли смысл ссылки, которые Яндекс не находит?

Во-первых, Яндекс показывает не все беклинки.

Во-вторых, имеет смысл при обмене проверять, нормально ли индексируется сайт и конкретно страница ссылок у того с кем вы ведете обмен.

то есть он может часть поиндексированных самим же собою ссылок не показывать? Тогда эти непоказанные ссылки могут иметь вес?

мож, они пока не нашлись, но скоро найдутся и появится смысл

Плюс ещё проверять noindex, наличие линкатора и другие немаловажные факторы

нет, не правильно, правильнее:

#link="www.site.ru*" || #link="site.ru*"

имеют для других ПС, возможно они их уже знают, имеют для Яндекса на будущее ;)

А что значит символ * ? просто я смотрю #link="www.site.ru" это не правильно?

сначала читаем: http://yandex.ru/info/syntax.html

а потом, если что-то непонятно, задаем вопросы ;)