Не соответсвие позиций в панели вебмастера и в серпе

Скорее всего, Гугл показывает усреднённое значение по всем странам, а вы, например, смотрите только по России.

Вебмастер показывает позиции с небольшой задержкой, т.е. не те что на данный момент.

Ну небольшой задержкой наверное не является две недели:)

Правда сейчас уже вроде что-то начинается выправляться...

Хотя мне не совсем понятно почему позиции в зоне ком лучше, чем в зоне ру. При том, что сайту присвоен регион Россия.

При том что в зоне ком меньшая конкуренция на ру запросы нежели в зоне ру

+1. Это я и имел в виду.