Яндекс и position:absolute top:-xxx?

в принципе <div style="position... - найти не долго автоматом, но кто мешает веб-мастеру производить поиск элемента в дом-дереве, с помощью различных математических преобразований и браузерно-зависимых выражений менять его атрибуты - такое вряд ли сразу вычислится ПС, так что можно будет просто ждать стука.

Я думаю, если прописать класс в отдельном css файле, то автоматом не найдет.

А разве Яндекс не может читать код из цсс файла?

Я не думаю, что он за это банит. Многие используют невидимые или находящиеся за экраном дивы, чтоб затем, например, по нажатию на кнопочку эффектно выехала сбоку панелька с формой ввода логин/пароля или надписью "а теперь отправьте SMS на номер.." :D

Я, правда, такие дивы в <noindex> на всякий случай заключаю, но больше из соображений сокращения количества попадающего в индекс неполезного/дублирующегося контента. И думаю, это ничего принципиально не меняет.