Русские буквы в URL'ах

Нормально индексируются. Такие урлы при запросах к серверу перекодируются в соответствии со стандартами. Проще всего перейти по такой ссылке в Эксплорере, и посмотреть в адресной строке что получится - вот это и будет кодированный урл.

Так же как и показываются в адресной строке http://site.ru/%F1%EB%EE%E2%EE.htm

Но с другой стороны, можешь же и сам проверить, сделав подобную страничку.

Это нарушение стандарта а если где то иногда работает то не обязательно будет работать везде и всегда.

Насколько я понял из RFC нарушения в этом никакого нет. Главное чтобы файловая система вам позволяла такие имена давать. Единственное, что требуется - это давать ссылку и обращаться к этому ресурсу, используя байт-кодированную форму (с процентиками). Но это, естественно, сводит на нет применимость таких URL для раскрутки. Хотя можно попробовать одурачить русский Гугл, вдруг он слово тоже перекодирует.

http://www.w3.org/Addressing/URL/uri-spec.html

Unsafe characters

In canonical form, certain characters such as spaces, control characters, some characters whose ASCII code is used differently in different national character variant 7 bit sets, and all 8bit characters beyond DEL (7F hex) of the ISO Latin-1 set, shall not be used unencoded. This is a recommendation for trouble-free interchange, and as indicated below, the encoded set may be extended or reduced.

А ещё к вопросу о кодировках в уникоде это будет уже

http://site.ru/%D1%81%D0%BB%D0%BE%D0%B2%D0%BE.htm

Ну я так и сказал. Файл именуйте русскими буквами, если файловая система позволяет, а ссылки придется давать байт-кодироваными. shall not be used unencoded - не должен быть использован в незакодированном виде. Так я и сказал. Да, упоминания о том, что "это может быть отменено" в приведенном вами отрывке не содержится. Но из него понятно, что никакого практического смысла так файлы именовать нет.