Когда нужно начинать бить тревогу?

попробуйте посмотреть вывод

vmstat и iostat.

лучше запускать в параметром 5, т.е. vmstat 5 - среднее по производительности за 5 секунд, iostat 5 - среднее по вводу-выводу за 5 секунд.

а еще мне нравится munin по сбору статистики по производительности.