Как правильно обмениваться ссылками в таком случае?

И с теми и с другими.

Сайт то в каталоге яндекса?

Если в каталоге Яндекса, то лучше меняйтесь с сайтами из Вашего раздела, а если нет - то всё равно. Хотя если в будущем собираетесь добавлять сайт в каталог, то обмен лучше производить с сайтами, находящимися в разделе, который наиболее точно соответствует Вашей тематике.

вообще, насколько принципиально и важно нахождение/ненахождение сайта в каталоге Я ? нашел несколько сайтов по моей тематике, которые есть в я.каталоге но места по ключ.запросам не выше, чем у меня ? кстати, и индекс цитирования у них тоже выше...??

На мой взгляд для поиска это не очень принципиально, хотя влияние несомненно есть. А вот трафик из каталога по некоторым темам очень даже хороший.

PS. ТИЦ не влияет на ранжирование результатов поиска... По тематическому индексу цитирования ранжируются только сайты в каталоге Яндекса.

И с сайтами по обучению скорочтению? И с сайтами по обучению вождению авто? ;)

http://yaca.yandex.ru/yca/cat/Science/Advanced_Training/

Наверное, только категория "Разное". Хотя есть один сайт, но он в рубрике "дом" :)

ИМХО это процесс очень индивидуальный, если решили меняться ручками. Плюс еще другие факторы будут влиять.