Как закрыть от индексации div и php блоки

Да именно.

А его разве не в ссылках используют?

А какая разница, результат ведь тот же? - но думаю удобней в странице куда идет инклуд поставить, удобней потом будет снимать.

1) nofollow - это значение аттрибута тега, где тег - <a>, а аттрибут - rel. Применяется только для ссылок, которые могут быть внутри этого дива, а могут кстати и не быть.

2) по поводу того, куда ставить <noindex>, - бот видит результат работы PHP, а значит ему все равно каким образом построена структура "движка".

Поясню на примере:

index.php:

<?
  print '[index text header]'
  include "pcent.php";
  print '[index text footer]'
?>

pcent.php:

<?
  print '<noindex>'
  print '
';
  print '</noindex>'
?>

результат работы скрипта index.php - [index text header]<noindex>

<?
  print '[index text header]'
  print '<noindex>'
  include "pcent.php";
  print '</noindex>'
  print '[index text footer]'
?>

<?
  print '
';
?>

Если нужно, чтобы блок гарантированно не индексировался всеми поисковиками и был при этом валидным - пользуйтесь JS или XSLT