Выпала куча страниц из выдачи

При заходе на сайт, "Касперский" ругается на трояна.

у меня молчит, и код чистый

Вот что у вас сидит:

http://www.viruslist.com/ru/search?VN=Trojan-Downloader.JS.Remora.bp&referer=kis

Касперский ругается на favicon - проверьте

Данное выпадение страниц очень похоже на бан за поисковый спам. Пишите в Яндекс, там либо подтвердят либо опровергнут. Чтобы сайт вернулся в индекс нужно снимать внешние ссылки, не все, на качественные сайты можно оставить. Увидел, что продавали ссылке в подвале и страницу link.htm (оставьте там только тематические ссылки, остальные сносите!), но в целом ничего такого страшного нет. Может Вы где обратные ссылки размещали или что-то типа того?

прогнал через 1sp c обратками на народе, больше вроде ничего не делал

9 страниц индексируются, Платон ответил что бана нет

На самом деле индексируется уже только 6 страниц. Беды большой нет. Сам прошел через это. Это я бы назвал "частичный" бан, при этом в индексе остаются главная страница, а также страницы 2-го уровня данного сайта ( также в индексе могут оставаться некоторые страницы 3-го уровня). Есс-но, они присутствуют в выдаче Яндекса. Ваша проблема весьма стандартна последнее время. Яндекс начал применять эту фигню где-то с сентября -начала октября. Суть проблемы в том, что Яндекс начал наказывать за ссылки на спамные ресурсы. У Вас очень много ссылок даже с главной страницы, другие не смотрел, но есть еще и форум, поэтому полностью согласен с RestWEB в том, что надо убирать ссылки на "плохие" сайты. Тратиь время, чтобы написать Платону о проблеме необязательно. Что он ответит, могу сказать заранее слово в слово. Мой совет - не теряя времени, проверить индексацию ВСЕХ сайтов, на которые ссылается Ваш сайт, и затем СРОЧНО убрать все ссылки на те сайты, которые не индексируются Яндексом. И будет Вашему собачьему сайту благодать... Простите, но он, ведь, действительно, о собаках.

Пробил все ссылки - не индексируется только одна совсем свежая. Кроме того, все что кроме блока внизу страницы загнано в noindex