Хостер парит мозг?

Скорее всего у вас плохо\неправильно настроен ВДС или веб-сервер.

Хотя возможно дурит хостер, но маловероятно.

2 Гб, 4 сайта. Но остальные совсем маленькие.

А что конкретно может быть не так? Что такое ВДС?

telo, Попробуйте увеличить memory_limit до 64M как минимум, возможно вам это поможет, на своих серверах поступили именно так, когда "тормозило".

telo, Отвечу за коллегу ВДС от англ.VDS - Означает, виртуальный выделенный сервер это когда на одном мощном или неочень сервере ставиться система виртуализации для windows это Vmware и др для линукса я предпочитаю Virtuozzo от Swsoft . И один физический сервер разбивается на несколько виртуальных, каждый виртуальный сервер обычно изолирован от соседа, но вот все они сидят на едином физическом сервере его ещё называют "нода'.

memory_limit=16M смотрится весьма смешно и непонятно на дедике.

PHP как CGI, медленнее mod_php, но ни как не на порядок.

Если памяти мало - просто не должно работать, а оно ведь работает! Интересно узнать результаты, почему. Все можем на это нарваться.

Вообще есть же средства профилирования php - я не силён в нём, но это должно быть не очень сложно.