Оптимизация php-сайтов и инклюды

Подскажите, пожалуйста, какие нужно принимать во внимание особенности оптимизации и продвижения сайта, созданного на php-скриптах по сравнению с html-сайтами (я имею в виду, есть ли существенные отличия в оптимзации кодов, применении кодов форматирования и т.д.) ?

Вообще сайты на скриптах также хорошо индексируются поисковиками, как html?

И ещё один вопрос. Навигационное меню (ссылки), выполненное инклюдами нормально индексируется поисковиками или не видно, как, например, ссылки, оформленные ява-скриптами?

Заранее спасибо за ответ.