Кол-во проиндексированных страниц...

а всего примерно сколько на сайте страниц?

может быть у Вас обычные каталоги?

второй сделан на cms, точное кол-во страниц сказать не могу.

На первом чуть больше 100 страниц.

Что Вы имеете ввиду под "обычные каталоги"? Нет это не каталоги ссылок.

Принцип устройства любой базы данных - это таблицы, во время апдейта содержимое таблиц меняется. Но содержимое не может одномоментно поменяться во всех таблицах. Сначала меняется в одной потом в другой.

• Предположим, во время update, сначала базе меняется содержимое в таблице где записаны все ваши страницы - в этот момент времени яндекс показвает максимальное количество страниц которое он знает на вашем сайте. (100стр.)
• Потом меняются таблицы в которых записаны какие то условия или рейтинги, значимости ваших страниц, которые в селекте действуют как ограничители(дополнительные условия) в этот момент вы видите реальное количество Ваших страниц, которое Яндекс хочет показывать пользователю согласно алгоритму. (10стр.)

Возможно те страницы что он не хочет показывать он склеил по принципу "суплементаль" или еще както пессимизировал их.

Но это мое предположение. Просто сдесь где то в соседней ветке, которую начал К.Каширин , обсуждался этот вопрос