Что значит домен и поддомен с точки зрения Я?

По-разному.

если между ними перелинковки нет, то, скорее всего, как разные будет воспринимать

Не говоря о деталях, которые мне абсолютно неизвестны, изначально Yandex должен рассматривать Рунет как n-мерное пространство, элементом которого является страница.

Поиск - это определение локальных максимумов. Это может быть сайт, это может быть часть сайта, это может быть отдельная страница.

Определение максимумов - это и есть тот саый алгоритм.

Sergey_Z, проще надо быть:)

Если между поддоменом и доменом нет ни одной взаимной ссылки, то как разные сайты (с разным тИЦ и, вероятно, ВИЦ).

А если есть один сквозняк?

Если Яндекс его видит - то и отреагирует соответственно.

мда теперь я понимаю, почему Я отреагировал так на мой поддомен - взял и склеил с главным доменом :))))

у меня сайт и поддомен, на каждой странице сайта есть ссылка на поддомен как и на поддомене, однако Я ничего не склеил и тиц разный и выдаче сайт и поддомен

аналогично, тицы разные, перелинковка есть.

разлинкуйте домен и поддомен, поставьте разных ссылок на тот и на этот. У меня склеивал поддомен с доменом когда морда выпадала. Может вернется.

Зарегистрируйте поддомен в Яндекс-каталоге и всё будет пучком