Если морда сайта в базе Яндекса 2 раза - это проблема?

Морда у сайта одна - www.site.ru/.

У вас на сайте просто где-то стоит ссылка(ки) на главную в виде www.site.ru/index.php, почему Яндекс и решил, что это какая-то отдельная страница.

Если ставите ссылки на морду и она же показывается в серпе, то проблем нет совсем. Пройдет время и Яндекс разберется в себе и в вашей навигации и приклеит index.php к морде, как и должно быть. 🚬

А если по определенным программным причинам на www.site.ru есть текст внизу страницы, а на www.site.ru/index.php его нет?

И в сохраненных копиях ЯНдекса также.

Склеит он их, или так и не поймет что это одна и та же страница, и нужно добиваться, чтобы по адресу www.site.ru/index.php выдавалась 404?

Вы сами поняли что сказали? :)

Ничего делать не надо. Яндексу видней. А запутывать машину не стоит.

Bucefal:

Была похожая проблема, выпала морда, вместо неё была страница /index.php, позиции упали вместе с траффиком.

Мой совет:

1) 301 редирект с index.php на /

2) В robots.txt : Disallow: /index.php

Сначала нужно добиться, чтобы на /index.php не было ссылок с других страниц вашего сайта. А потом уже редирект 301, если этого недостаточно.