Ждать воскрешения или запускать на новом домене

Регистрируйте домен в зоне .ru, припарковывайте к сайту и делайте его основным зеркалом. И будет все ок.

Точно такая же ситуация была по трем клиентским сайтам в зоне .spb.ru, теперь все сайты нормально индексируются. И обращаю Ваше внимание, что проблемы старого домена на новом не отразились.

Какая-то нелюбовь у Яши к доменам в спб похоже бывает.

Где бы поподробнее почитать про эту операцию? Особенно про то как сделать основным зеркалом.

Например, nic.ru - регистратор доменов в зоне .ru, по поводу парковки домена дергайте хостера своего.

А по второму вопросу почитайте про файл robots.txt