Как правильно запретить индексацию ссылок?

если для яндекса то <noindex> счетчик </noindex>

или с помощью javascript

И добавить ссылкам атрибут rel="nofollow" для гугла.

А в принципе есть ли смысл закрывать счетчики т.д., они вообще индексируются?

Это смотря какие счётчики. Если код их полностью написан на java - то они в любом случае не проиндексируются...

Вот какие:

1)<!--LiveInternet counter--><script type="text/javascript"><!--

document.write("<a href='http://www.liveinternet.ru/click' "+

"target=_blank><img src='http://counter.yadro.ru/hit?t12.6;r"+

escape(document.referrer)+((typeof(screen)=="undefined")?"":

"; s"+screen.width+"*"+screen.height+"*"+(screen.colorDepth?

screen.colorDepth:screen.pixelDepth))+";u"+escape(document.URL)+

"; "+Math.random()+

"' alt='' title='LiveInternet: показано число просмотров за 24 часа, посетителей за 24 часа и за сегодн\я' "+

"border=0 width=88 height=31><\/a>")//--></script><!--/LiveInternet-->

2)<!-- SpyLOG -->

<script src="http://tools.spylog.ru/counter2.2.js" type="text/javascript" id="spylog_code" counter="889909" ></script>

<noscript>

<a href="http://u8899.09.spylog.com/cnt?cid=889909&f=3&p=0" target="_blank">

<img src="http://u8899.09.spylog.com/cnt?cid=889909&p=0" alt='SpyLOG' border='0' width=88 height=31 ></a>

</noscript>

<!--/ SpyLOG -->

3)<!-- HotLog -->

<script type="text/javascript" language="javascript">

hotlog_js="1.0";

hotlog_r=""+Math.random()+"&s=428938&im=103&r="+escape(document.referrer)+"&pg="+

escape(window.location.href);

document.cookie="hotlog=1; path=/"; hotlog_r+="&c="+(document.cookie?"Y":"N");

</script>

<script type="text/javascript" language="javascript1.1">

hotlog_js="1.1";hotlog_r+="&j="+(navigator.javaEnabled()?"Y":"N")

</script>

<script type="text/javascript" language="javascript1.2">

hotlog_js="1.2";

hotlog_r+="&wh="+screen.width+'x'+screen.height+"&px="+

(((navigator.appName.substring(0,3)=="Mic"))?

screen.colorDepth:screen.pixelDepth)</script>

<script type="text/javascript" language="javascript1.3">hotlog_js="1.3"</script>

<script type="text/javascript" language="javascript">hotlog_r+="&js="+hotlog_js;

document.write("<a href='http://click.hotlog.ru/?428938' target='_top'><img "+

" src='http://hit23.hotlog.ru/cgi-bin/hotlog/count?"+

hotlog_r+"&' border=0 width=88 height=31 alt=HotLog><\/a>")

</script>

<noscript>

<a href="http://click.hotlog.ru/?428938" target="_top">

<img src="http://hit23.hotlog.ru/cgi-bin/hotlog/count?s=428938&amp; im=103" border="0"

width="88" height="31" alt="HotLog"></a>

</noscript>

<!-- /HotLog -->

4)<!--begin of Top100 Logo2-->

<a href="http://top100.rambler.ru/top100/">

<img src="http://top100-images.rambler.ru/top100/banner-88x31-rambler-blue.gif" alt="Rambler's Top100" width=88 height=31 border=0></a>

<!--end of Top100 Logo2 -->

5)<!--Rating@Mail.ru COUNTEr--><a target=_top

href="http://top.mail.ru/jump?from=1237948"><img

src="http://d3.ce.b2.a1.top.list.ru/counter?id=1237948;t=56"

border=0 height=31 width=88

alt="Рейтинг@Mail.ru"/>

6)<!--begin of Rambler's Top100 code -->

<a href="http://top100.rambler.ru/top100/">

<img src="http://counter.rambler.ru/top100.cnt?1126665" alt="" width=1 height=1 border=0></a>

<!--end of Top100 code-->

Из-за нагруженности Ява-скриптов в счетчиках, к примеру ноуиндекс уже "захлебывается" на половине кода счетчика HotLog

а зачем СТОЛЬКО счётчиков сразу на сайт устанавливать???

имхо многовато, ЛИ невидимый, рамблер топ 100 и еще один и хватит впринципе;)

Я не знаком с яваскриптом но помоему весь этот код можно вынести в файл counter.js например. В HTML коде будет лишь строчка с указанием относительного (а значит и внутреннего) пути к файлам.