Подскажите, что можно сделать с сайтом.

Кто знает, помогите.

Всего 2-е недели ждете?

Вариантов не много:

1. Еще подождать

2. Поставить ссылочек хороших

Поставте хороших ссылок на морду и на внутренние.

Можно еще раз по каталогам прогнать.

Мне иногда гугл аналитик помогает ;)

Скормите главную страницу Гуглу. (хотя я думаю, вы это первоначально сделали) - если нет, то обязательно сделайте, плюс карта сайта и внутренние ссылки (которые гугл так любит), в савокупности даст результат, который был до поездки...

..И ещё поменяйте хостинг, чтоб впредь такого не повторялось....

Полностью согласен. Можно еще хотя бы на время жирных линков набрать - индексация ускорится + временно изменить перелинковку сайта, уменьшив глубину вложения (я обычно на время ставлю ссылки с главной на глубокие внутренние разделы). Нужно стараться, чтобы все страницы были в пределах 2, максимум 3 кликов от главной.

Скорее всего Вам не повезло и Вы "попали" в момент обновления индекса. Сервер получил ответ 404 - "Серверу не удается найти запрашиваемую страницу". Убедившись, что этот ответ правильный - что означает, что Гуголь несколько раз сканировал Ваш сайт и не нашёл страницы - эти страницы скорее всего были удалены из индекса Google не менее чем на 180 дней, независимо от того, будут ли они доступны для сканера в следующий раз или нет

В течении этих 180 дней Вы можете подать заявку на повторное включение этих страниц через "инструменты Google для веб-мастеров" Полученные запросы о повторном включении обычно обрабатываются в течение 3-5 рабочих дней.

Так что "жирные линки" здесь нипричём

Мой вопрос конечно наивен, но все таки.

Как можно отправить запрос о повторном включении?

поставьте ссылок на внутренние страницы...

Через https://www.google.com/webmasters/tools/ удаляйте и отправляйте на индексацию.