Как исправить ошибку? Сайт попал не в ту директорию каталаго у Яндекса

Возможно модератор сам определил категорию которая больше подходит сайту?

Скорее всего.

И как это исправить? Писать в Яндекс?

Можно написать - хуже не станет, вот только толку скорее всего от этого будет ноль. Если модератор решил что сайту более соответствует та рубрика, которую он сам выбрал - так и будет.

У Вас чуть больше шансов, если Вы платили за размещение

Денег не платил.

Вопрос такой, как может повлиять нахождение сайта не в той категории у Яндекса в каталоге?

Стоит ли себе голову, этим вопросом не морочить?

Однозначно сТОит. Тематические бэки могут стать совсем нетематическими ;)

Напишите в суппорт, попробуйте донести до модератора, что сайт действительно больше подходит к другой рубрике, хуже от этого уж точно не будет.

P.S. А в какую рубрику метились, и куда попали?

Не забивайте вы себе голову этим - радуйтесь что вообще взяли нахаляву.

Чушь, директория родственная