Подскажите в чем дело?

Яндекс посчитал, что для вашего сайта 250 бэков - это слишком много, "хватит и половины дозы" (С)

Яндекс решил забанить сайты, которые ссылались на вас, чтобы вы продолжали работать над сайтом.

А почему же он попал в Яндекс каталог?

Думаю, потому что кто-то заполнил форму регистрации каталога и нажал на кнопку "Добавить"

Ну а если я прогоню сайт опять по каталогам бэки будут или будет опять бан каталогов?

Этих бэков больше не будет. Если их забанили, то навсегда.

Если это глюк, то они могут вернуться после 1-2 апов.

Хотя судя по всему у вас именно первый случай.