Яндекс не индексирует скриптовые ссылки...

В футере продублируйте все ваши внутренние ссылки в хтмл блоком, поможет!

Сделайте карту сайта (как я понял, Вы так и сделали), и поставьте на нее обычную (<a href="">…</a>) ссылку с главной (а лучше с каждой) страницы сайта. Ссылку не стоит делать цветом фона (если сильно хотите ее спрятать, лучше используйте маленькую пиктограмку). Еще можно вручную добавить адрес страницы с картой сайта для индексации через форму Добавить URL.

PS: А почему просто не сделать ссылки на главной обычным html? Внутренние страницы на сайте тоже перелинкованы при помощи скриптовых ссылок?

Верно, но если дизайн позволяет. Хотя толку с того дизайна, если на сайт люди не приходят…

это очень "грубое" решение... неужели нет ничего поизящнее? Да и не поможет это кардинально, внутри тоже почти все ссылки скриптовые... Как вообще индексируются сайты с такими ссылками? Ведь большинство крупных сайтов - динамические так и сделаны.

Подождите, видимо мы под скриптовой ссылкой понимаем разное...

Скриптовая ссылка оформляется при помощи javascript.

Обычная ссылка оформляется след. образом: <a href=""></a>

А почему грубое? Можно оформить все красиво.

В вы внутри тоже дублируйте, продумайте перелинковку толковую и будет ва щасте ;)

Так и делают, тем более где именно вы видели ссылки только скриптовые на "больших" порталах? Присмотритесь, может быть вы увидете блоки обычных ссылок с анкорами ? :)

сайт написан на JSF, там ссылки все неявные... как яндекс индексирует подобные сайты? С гуглем все понятно, сделать sitemap и все, а вот что с яндексом?

А что с яндесом, а ничего с яндексом. Сделайте карту сайта и скормите ему (или гугл как то по иному ходит по ссылкам? если так, то просветите), а еще внутренние страницы перелинкуйте хорошенько. И впредь никаких JSF ☝