Яша выдает поддомен вместо домена

страница основного домена более релевантна запросу, чем страница поддомена. Для Яндекса ваши 2 домена - это 1 сайт и он не выдаст обе страницы по запросу. Поставьте ссылок с необходимыми анкорами на субдомен, и тогда Яндекс возможно (если все правильно сделайте) посчитает страницу поддомена более релевантной.

P.S. А лучше перенесите субдомен на новый домен второго уровня и раскручивайте его.

Спасибо albion. Я раскручиваю поддомен отдельно от домена....поэтому и странно, что он, то домен, то субдомен выдает....

Насчет нового домена подумаю...

Вы хотите сказать что по одному запросу не могут быть в выдаче страницы с разных сабдоменов, но принадлежащих одному домену? А как же тогда народ или бум.ру?

могут, если только основной домен Яндекс считает хостингом, который предоставляет доменные имена имя.site.ru

Во всех остальных случаев - нет

А если сначала продвигался домен по определьном ключевикам, а теперь необходимо по этим же вывести в топ созданный сабдомен...Поможет ли в этом случае закрытие от индексации основного домена?

Это ничем не поможет, и не помешает. Просто в индексе не будет основного домена.

Я имел в виду поможет ли это заменить в серпе домен сабдоменом? В топе по определенным ключевикам основной домен, а нужно чтоб созданный поддомен был.

нет, не поможет. Лучше ставьте побольше ссылок на поддомен, и после того, как Яндекс поймет, что страница поддомена более релевантна чем страница основного домена, то Яндекс просто уберет из выдачи страницу основного домена, и поставит туда страницу субдомена.

И как долго он обычно понимает?

Зависет от того, с какой интенсивностью и с каких сайтов ставите ссылки. А так же от конкурентности запроса. И может быть от 2 недель (при слабой конкурентности.) до бесконечности (если практически не продвигаете). Придется так же конкурировать со своим сайтом (страницей), как и с другими сайтами.