Статистика запросов: где лучше?

абсолютно верно

Сравните обе статистики (с учётом коэффициента) — если возникают существенные расхождения в упорядочивании — посмотрите на НЧ с теми же словами, уточните. По некоторым темам ...возможны существенные расхождения.

Если только упорядочить по популярности — практически без разницы, хотя бы по тому, что ...популярный пользователь ПС — реагирует не только на место в выдаче (что тоже бывает), но и на ваши сниппеты... иногда “с дивной избирательностью” — это невозможно вычислить заранее. А ещё — при продвижении не удаётся сверхточно нацелить усилия на основе только статистики... корректировать приходится позже.