Как правильно размещать банеры?

Не уверен, что делаю честно, но если клиент не оговаривает отдельно, я ставлю баннер в <noindex> и nofollow. Если баннер имиджОвый - клиенту вообще по-фиг, стоят там теги вокруг или не стоят.

Замечено; если баннер приходит от РА, то я уже не напрягаясь ставлю баннер в теги - РА очень редко волнует что-либо, кроме процентовки с договора, а вот у прямых рекламодателей зачастую в конторе сидит свой местечковый оптимизатор, который заставляет руководителя включить "прямизну" ссылки в Договор.

это что значит?

обычно Рекламное Агентство

а зачем тогда много сайтов делают ссылку на страницу своего домена, а потом уже редирект на рекламодателя?

Чтобы статистику можно было вести.