Есть ли решение как повесить сообщение: используйте VPN, чтобы открыть этот сайт?

ГеоДНС это не трафик. Трафик пойдет напрямую туда, куда ДНС-сервер скажет. Скажет с ру-айпи идти на какой-нть хостинг в рф - пойдут сразу туда, а на Банни только днс-запрос уйдет первоначальный. Интересно кстати можно подружить вторичный ДНС с основным на котором ГеоДНС настроен?

Но вообще и так понятно, что для топикстартера всё это оверкилл - два разных сервера на разных хостингах, геоднсы и т.п. непотребство. Если проект большой с большим трафиком и здесь и там, то можно и заморочиться. А всем остальным проще просто выбрать один стул и полностью на него пересесть, а на второй рукой махнуть.

Можно, называется service workers.

Пираты делают подобные оффлайн страницы, проверяют доступность домена #1 , если запрос не прошёл то редирект на зеркало.

Но для этого нужно чтобы посетитель заранее посетил ваш сайт, активировал js скрипт, скачал себе оффлайн страницу (автоматически). Иначе никак. 

Ну повесишь ты объявление, а смысл?
Ты потеряешь позиции в выдаче хоть с плашкой, хоть без. Более того, нарвешься на закон о распространении фейков.
Люди и так сейчас понимают, если не зайти на сайт, то либо другой сайт в поиске ниже выбирают, либо подключают ВПН.
У меня на хостинге есть защита от ботов, стоит 90 руб. в мес. Правда я её не проверял. Если хочешь и тебе доход от РСЯ позволяет пользоваться такой услугой, то могу посоветовать. Ну или самому блочить их.

не встречал такой дешевой защиты от ботов...

посоветуйте пожалуйста...

поизучаю сервис, которым вы пользуетесь