SEO Оптимизация сайта на Джумле

Правильно ли я понимаю, что "опасность" заключается в том, что поисковики воспринимают сайт.ru и сайт.ru/index.php как два разных сайта, и из-за этого один из них могут счесть зеркалом другого?

Не два разных сайта, а две разные страницы.

Плохо то, что статический вес (как и ссылочное, внутреннее в том числе), вместо того, чтобы сосредоточиться на морде, разделяется по двум разным страницам. В итоге вместо одной страницы с релевантностью Х имеете две страницы по, скажем, Х/2.

Вместо одной страницы на первом месте серпа получаете одну страницу на пятом и одну в "Еще с сайта".

Для Яндекса это не передаст вес одной страницы к другой. То есть это не выход.

Тоже ничего не даст. Одна страница из индекса пропадет, а вторая все равно в выдаче не поднимется.

В общем, проблема в кривых ссылках. Чтобы ее решить, нужно найти способ сделать ссылки на "/". По-другому нельзя.