Страницы сироты (Orphan Pages)

Постепенно "убирать", следя за контрольными метриками.

Тут момент в чём. Любая проиндексированная страница, передающая вес реципиенту - потенциальный источник влияния. Поэтому любая кардинальная мера, которая меняет расклад по распределению весов между страницами (когда объём страниц заметно большой) - может сказаться. А может не сказаться - это нужно проверять практически, поэтому, я бы:

- Стал убирать постепенно (а точнее склеивал их со схожими товарами).

- Не накапливал большого объём страниц-сирот, чтобы впредь предупреждать такие ситуации.

Это как раз типовая работа SEO специалиста.

Для начала нужно понять, этого товара в действительности просто "нет в наличии" или его уже никогда не будет в наличии, потому что он уже не производится например.

Ну и тогда, товары которых уже никогда не будет, клеить постранично на максимальный аналог.

А то что с сайта уйдет часть бесполезных страниц, так плохого от этого не будет, наоборот только хорошо.

т.е. поисковик через каталог может дойти до этих товаров?

Да, но прям совсем не в приоритете. Вообще, по хорошему, можно на карте сайта делать раздел "Этот товар закончился, но, может, ещё появится" со ссылкой на архив. Т.е. это игра с уровнем вложенности в первую очередь. А сами страницы какой-никакой вес всё равно имеют и отдают.

А вот наличие в листинге напрямую таких товаров (даже при выводе внизу) - негативно сказывается на ранжирование самого листинга (проверено). 

Интересно.

Выходит, у меня 2 проблемы :(

Есть товары, которые сейчас закончились и мы их ждем. В листинге они есть (заказать их можно), но в карточке указано (картинкой) что "Закончилось. Ждем новую партию".
Такие товары тоже не выводить, выходит, в листинге, или статус в карточке не показывать?

Нет, такие товары я как раз внизу показываю. 

Вообще у меня, как правило, 3 статуса:

• есть в наличие (в том числе под заказ);
• временно нет в наличие (со статусом ожидается поставка);
• временно нет в наличие (и я знаю, что никогда не будет).