Разная региональность сайта через ЯБ и ЯВМ

Норм будет, особенно если Я.Бизнес хорошо настроишь)

Из практики Локальный бизнес в Питере (max 2 км).
П.п Как описано у тебя, + дополнительно в Я.бизнесе  еще и  Питер 
- Питер хорошо стоит в выдаче и в Я и в Я.бизнес.
- Москва, в выдаче тоже неплохо, клиентов достаточно много, особенно летом когда местные сваливают
- Остальные регионы, тоже неплохо, но по разному). Клиенты есть постоянно, вплоть до Владика

Может её потерять. Если Вы в вебмастере укажите без присвоения региона, то будет продвигаться по всей России.

Может и есть риски, но сделал как написано выше, задача реализовалась полностью. )

Ну потому, что и доставка по всей РФ. Для некоторых это будет критично. Раньше так и делали, ставили регион Москов, а автоматом продвигались и по РФ. Я изначально сделал тоже так для своего сайта, потом переделал по Вашему примеру, но только пару лет назад. Просадка была, но были и ТОПы в отдельном регионе. Как по мне, то для информационника по РФ это не влияет, не влияет и для ИМ, но если торгуете в конкретном регионе, то это критично. С этим Яндекс и сделал такую возможность, скажем тонкую настройку.

Вопрос задавал под две вещи:

1. Импорт. Важна видимость в РФ, но платежеспособные клиенты в основном в Москве.

2. Производственный цикл. С адресом производства и локацией, явно московской. Но задача, опять же, на всю Россию. 

Это не про контентники. Им без разницы. ) 

А, ну и третий пример - это разделение сбыта с основной точкой в СПБ и доставкой в радиусе ~1-1.5 ткм. В основном - Москва. Здесь было сложнее, но принцип использовал тот же.

Ну и как?

Не особо, забил и ушёл в Авито )

UPD: сделал по запросам с Москвой сделал, другие ГЕО сделал. Но именно по выдаче в СЕРПе так себе. 

По Москве всегда было сложно двинуться. Поэтому я и решил убрать гео.

Криво написал, запрос, условно, доставка кофе в Москву - ранжируется. Доставка кофе - нет.