Можно ли использовать права пользователя www-data, для файлов сайта и его работы?

Владелец может сохранять/изменять файлы. Так что лучше права www-data выставлять только для каталогов под запись. И это при условии, что вас не беспокоит подобное влияние со стороны одного сайта на другие.

Т.е. программные файлы обычно хранятся, имея принадлежность владельцу сайта, а файлы содержимого в public, upload, etc. (т.е. в корневом каталоге или глубже), логи и т.п. могут иметь принадлежность www-data. Либо просто разрешаете запись в нужные каталоги, не меняя их владельца.