Как отследить откуда запускали скрипт?

Передавайте при запуске уникальный случайный код, и контрольный код, который зависит от случайного кода, получение контрольного кода из случайного кода известно только правильному запускающему скрипту, и запускаемой программе.

exec("softina random control ...")

Artisan #:
Передавайте при запуске уникальный случайный код, и контрольный код,

дело в том что script.php тут открытый код. его все видят.  myprogram нет. тут байт код.

можно по pid +  ps aux

https://pubs.opengroup.org/onlinepubs/009695399/functions/getppid.html

https://www.systutorials.com/how-to-get-the-running-process-pid-in-c-cpp/

https://stackoverflow.com/questions/1470910/invoke-external-shell-script-from-php-and-get-its-process-id

pid не подходит. я в консоли могу его запустить  а не с  script.php и получу pid и передам его myprogram. 

когда запускаете из пхп программу, то можете получить её pid и записать во временный файл, а из проги проверить по этому pid, совапдает ли с pid программы

getpid()

$command =  'yourcommand' . ' > /dev/null 2>&1 & echo $!; ';

$pid = exec($command, $output);

кроме того, не уверен что получится, но в с++ также можно попробовать получить parent pid по getppid(), а выводом ps aux проверить, пхп ли этот parent pid или нет

надо попробовать. 

В скрипте передайте ключ в качестве аргумента

exec('/path/to/your_program --from-script script1.php');

в программе проверьте соответсвие аргумента  --from-script его значению

ето же не значит что я  myprogram запустил с  script.php

может в терминале . а может и з другого скрипта . 1.php

ключом может быть некий хеш, создаваемый скриптом, а-ля md5(pid) - алгоритм придумайте любой
его же и сверяйте в программе