Как отследить кратковременные скачки нагрузки?

Проще всего использовать apache fullstatus.

Должно быть все в логах сервера у нормального хостера. Пишу в саппорт, если сайты начинают сильно тормозить, админы разбираются  и решают проблему или подсказывают, что надо сделать для ускорения - это же их работа. В крайний раз из-за большой активности бота Яндекс метрики сайты начали дико тормозить, пришлось умерить их пыл через личный кабинет.

ТС пишет что у него VPS - обычно на сервере владелец сам разбирается во всём так как у него есть полный root доступ. 

Только не на российском рынке) Попробуй-ка клиенту сказать что это его сервер и ему надо самому во всем разобраться)

по этому российский рынок, особо крупным мировым игрокам и  не интересен.

Ибо мелкий, бедный, охреневший.

Установить или заказать установку и настройку системы мониторинга. 

Говорим каждый раз. От нас не убудет.

Какие-то вещи за плату мы беремся починить/поправить, но разбираться в древней CMS - извините, это к веб-студиям или фрилансерам.

По теме ТС - мониторинг, например, простейший Monit - может ему помочь обнаружить нагрузки, но в логах нагрузки на веб-сайте ничего лучше apachectl fullstatus для просмотра коннектов в реальном времени не придумали.

Ну, или можно использовать tcpdump, но это инструмент посложнее.

с названия ето походу для  apache. а кто сказал что у ТС сайт на  apache.?

Сейчас к сожалению 99,99% хостов и их техподдержка тупит на полную, отодвигая реальные моменты, отвечая обыденными фразами - сейчас идет ДДос атака. Хотя никакого ДДосса и нет в помине.

Эти ребята тоже с хитрицой (по единому шаблону) стали отвечать на вполне адекватные запросы от пользователя (клиента) в тех поддержку.

У меня не так, вижу, что лагает сервер, сразу пишу саппорту, реально решают вопрос, сайт начинает летать. От меня так просто не отвертишься =)